MAN Tarakan merupakan madrasah yang berfokus pada pembentukan Sumber Daya Manusia berkualitas tinggi. Aspek-aspek yang didalami adalah proses penyiapan calon pemimpin masa depan, pengembangan minat dan bakat peserta didik, kompetensi pendidik dan tenaga kependidikan, dan tata kelola madrasah.
Sesuai dengan amanat undang-undang Republik Indonesia No. 20 tahun 2003 tentang system pendidikan nasional. bahwa pendidikan nasional berfungsi untuk mengembangkan kemampuan dan pembentukan watak serta peradaban bangsa yang bermatabat dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa, dan bertujuan berkembangnya potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, beraklak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri dan menjadi warga Negara yang demokratis dan bertanggung jawab.
Berdasarkan fungsi dan tujuan pendidikan nasional tersebut, MAN Tarakan menyelaraskan pembentukan karakter dan peningkatkan kompetensi yang dibutuhkan dalam masyarakat. Untuk itu, penyiapan calon pemimpin dan system pendidikan merupakan bagian yang amat penting bagi MAN Tarakan, yang tergambar jelas dalam visi-misi MAN Tarakan yang orientasinya terhadap pengembangan Sumber Daya Manusia.
Kegiatan pendidikan dibidang kesiswaan menjadi tolak ukur untuk pembentukan karakter dalam meningkatkan nilai-nilai kepemimpinan yang menjadi bekal bagi peserta didik dalam melanjutkan keperguruan selanjutnya. Untuk itu, MAN Tarakan menjadi wadah untuk menyiapkan calon pemimpin yang hebat. Pengembangan diri menjadi satu hal yang penting dalam menyiapkan generasi emas bangsa, pengimplementasinya berupa pelayanan pengembangan intrakurikuler maupun ekstrakurikuler dan pengembangan berorganisasi menjadi satu keharusan sebagai wahana latihan kesiapan kepemimpinan.